Хочу отметить, что на моём горизонте сегодня появилась библиотека PyAMG для алгебраических многосеточных методов. Для Python.
Служит для решения систем линейных уравнений. Может использоваться в качестве решателя в FiPy или Dolfin/FEniCS. Ну и где угодно. Преимущество этих методов в практически постоянной экспоненциальной скорости сходимости для систем любого размера. Простыми словами: количество вычислений на каждый следующий точно вычисленный десятичный знак постоянно и не зависит от размера решаемой системы.
Примеры на сайте весьма интересны. Стиль примеров вполне питонический. В зависимостях практически только SciPy, NumPy и Pylab. Надо будет попробовать.
Также по теме: обзор свободных программ для численных расчётов.